Se han identificado en el Archipiélago 220 especies de plantas endémicas, 399 nativas y 119 introducidas; esta flora fue transportada por los vientos, el mar, el hombre o bien por las propias aves que emigraron desde el continente llevando en sus plumas, patas y picos algunas semillas y esporas que pudieron germinar en el suelo insular, modificando, con el transcurrir del tiempo, su propia estructura y fisiología como resultado de su aclimatación al nuevo medio de vida. Debido a estas adaptaciones algunas especies de las islas son únicas en el mundo, y muchas son similares a las del continente americano.
Se estima que tanto la flora como la fauna no son originarias de las islas, sino que fueron transportadas desde el continente. Semillas o esporas que han pasado de una isla a otra han originado especies enteramente nuevas donde se ha repetido el proceso de evolución.
En las islas bajas se observan paisajes desérticos debido a la baja humedad del ambiente y a la falta de lluvias. En cambio, las que son más elevadas reciben lloviznas y aguaceros más frecuentes por lo que poseen una mayor presencia de vegetación.
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